A instabilidade política do Equador afeta acordos firmados com o Brasil no setor energético, assim como as freqüentes demonstrações de fragilidade institucional nos países da América Latina colocam a perder os projetos de integração defendidos pelo governo Lula, as relações comerciais entre os países da região e a consolidação da internacionalização da Petrobras.
A modernização do setor petrolífero foi uma das bandeiras hasteadas pelos oposicionistas a Lúcio Gutiérrez. Assim como na Bolívia, os movimentos sociais, com forte participação dos indianistas, têm uma visão negativa em relação à presença de empresas estrangeiras no país. O analista do Instituto Brasileiro de Estudos Políticos, João de Castro Neves, comenta que "a tendência destes movimentos é de impedir a instalação de empresas estrangeiras ou, como se viu claramente no caso da Bolívia, impor tributos tão altos, que podem chegar a inviabilizar a permanência das companhias."
Em comparação com a Bolívia, a atuação da Petrobras no Equador é bastante modesta, resume-se a parte das ações de um oleoduto e a dois blocos adquiridos com a compra da Perez Companc. No entanto, um dos blocos, o 31, está no centro da polêmica entre grupos indianistas, ambientalistas e o governo do presidente deposto.
Em agosto de 2004, Brasil e Equador assinaram uma série de acordos na área energética, que incluiam a permissão para a Petrobras perfurar um bloco situado Parque Nacional de Yasumi, na Floresta Amazônica. A decisão do ex-presidente Lúcio Gutiérrez foi criticada por grupos ambientalistas e indianistas que se manifestaram contra a licença. O parque foi designado pela Unesco como reserva de proteção da biosfera. As reservas provavéis do bloco são de 230 milhões de barris de petróleo.     
Além deste acordo, o Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) liberou US$ 243 milhões para o financiamento da construção da Hidrelétrica de San Francisco, no Equador.
A expectativa da Petrobras era investir US$ 100 milhões em cinco anos no Equador. No entanto, segundo analisa Neves, a tendência é de que este investimentos sejam reduzidos à espera de maior estabilidade, já que o novo presidente não tem força no Congresso nem apoio popular. "No caso da Petrobras, que teria a América do Sul como palco ideal para consolidar sua internacionalização, a instabilidade da região pode obrigar a empresa a arriscar-se mais em ambientes também conturbados politicamente como a África e o Oriente Médio", diz.
Do mesmo modo, o analista acredita que a proposta de investimento do BNDES em toda a América Latina também terá que esperar por mais tranqüilidade.
"O maior problema no caso do Equador, nem é a questão energética, mas a própria fragilidade institucional recorrente em vários países. Isso é o que impede a criação da Comunidade Sul- Americana de Nações, objetivo prioritário do governo brasileiro", comenta Neves.
O analista destaca que a América do Sul tem passado por conflitos quase mensalmente e que mesmo as declarações otimistas do presidente Lula não são suficientes para fazer acreditar na Comunidade Sul-Americana, visto que os pleitos do Brasil na política regional também foram rejeitados. A indicação brasileira para Organização Mundial de Comércio (OMC) não foi aceita pelos países, que preferiram o candidato uruguaio e a proposta do Brasil entrar para o Conselho de Segurança da ONU também é criticada pela Argentina e pelo México. No caso do Equador, o presidente Néstor Kirchner, da Argentina, também veio a público protestar contra a decisão brasileira de apoiar Gutiérrez sem consultar os outros países da suposta Comunidade.