Segundo a ação encaminhada pelo Ministério Público Federal contra Eduardo Requião, em 2004, a Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq) determinou que a Administração dos Portos de Paranaguá e Antonina apresentasse esquema operacional que permitisse a movimentação da soja modificada. Em inspeção no Porto de Paranaguá, realizada em fevereiro de 2005, a Antaq concluiu que a APPA continuava transgredindo a legislação federal ao recusar-se a movimentar a soja geneticamente modificada.

O laudo apontou ainda que as justificativas de contaminação das demais cargas pela operação da soja transgênica não se sustenta, já tendo sido rebatidas em diversas análises realizadas nos seguidos relatórios apresentados nos processos de fiscalização, reforçado com o depoimento das empresas operadoras que consideram a soja transgênica apenas mais um tipo de carga a ser segregado, além da soja, do milho, do trigo e de outros granéis alimentares.

O Congresso Nacional também solicitou uma auditoria pelo Tribunal de Contas da União (TCU), para apurar eventuais prejuízos ao patrimônio público federal, resultantes da gestão inadequada dos Portos de Paranaguá e Antonina. O TCU concluiu que a atitude da APPA em proibir a movimentação de produtos transgênicos em Paranaguá afronta a soberania da União para legislar sobre Portos e coloca em xeque a função da Antaq como órgão primário de fiscalização.

Além disso, a investigação também considerou que o possível prejuízo decorrente dessa postura, mais do que atingir o patrimônio da União, representa potenciais prejuízos à própria economia do País, na medida em que impede a exportação da produção de soja que normalmente é escoada pelos portos administrados pela APPA.

Para o tribunal, a atitude do governo Requião e da autarquia comandada pelo irmão do governador evidenciou que a questão do embarque da soja transgênica nos portos situados no Paraná assume uma dimensão política e retrata um conflito entre aquele Estado e a União.