As organizações não governamentais de defesa do meio ambiente tinham ajuizado uma ação civil pública contra o Instituto Brasileiro de Meio Ambiente (Ibama), a Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel), a Agência Nacional de Águas (Ana), a União e a empresa Madeira Energia S.A, pedindo a suspensão imediata da licença emitida para a usina alegando irregularidades ambientais.

Na decisão, a Justiça Federal acatou a argumentação da AGU de que a suspensão da licença ambiental não poderia ocorrer porque todas as recomendações emitidas no parecer técnico do Ibama foram cumpridas pelo empreendedor responsável pela obra.