Com uma grande festa e a presença do público de toda a região, o presidente Luís Inácio Lula da Silva inaugurou, em outubro de 2006, a Unidade Industrial da Brasil Ecodiesel em Crateús, com capacidade de produção de 118.800 m de biodiesel por ano, integrada à unidade esmagadora. A expectativa de todos era que a empresa, líder nacional na produção de biodiesel, fosse a grande impulsionadora do desenvolvimento e crescimento da região, tanto pela presença da maior autoridade nacional assegurando o investimento na região, quanto pela própria divulgação do biodiesel como o combustível do futuro. No entanto, três anos depois da inauguração, desde dezembro de 2009, a unidade está desativada.

Antes disso, muitos problemas surgiram em decorrência de questões ambientais, como a suspensão temporária das atividades de esmagamento de oleaginosas da unidade, por meio de liminar pelo juízo da comarca de Crateús em julho de 2007, em ação cautelar de cunho ambiental, referente ao Rio Poti.

A intensa poluição no Rio Poti causou o aparecimento de espuma e a morte de centenas de peixes, fato que preocupou a população que, articulada, buscou os órgãos públicos estaduais exigindo a imediata solução do problema. Com estudos no local, a Superintendência Estadual do Meio Ambiente do Ceará (Semace) comprovou a responsabilidade da empresa.

Atualmente, a Unidade encontra-se sem nenhuma atividade operacional. Os equipamentos permanecem no local, exceto os da esmagadora, que estão sendo retirados pela companhia. Dezenove funcionários continuam na indústria aguardando a total desativação e as decisões da direção da empresa. Além disso, 82 funcionários foram desligados e receberam todos os direitos rescisórios. Foi oferecida pela empresa a possibilidade de transferência, porém, somente quatro funcionários aderiram ao programa.

De acordo com a assessoria de imprensa da Brasil Ecodiesel, prestada pela empresa CDN, localizada no Rio de Janeiro, uma das causas da desativação teria sido a falta de matéria-prima no Estado. A produtividade do seu programa de agricultura familiar no Ceará era baixa e o transporte de soja para a região elevaria as despesas, não havendo viabilidade logística e competitividade da usina de Crateús. Sobre a questão ambiental salienta que a situação da empresa já estava completamente regularizada. Com relação aos equipamentos ociosos que ainda estão na usina de Crateús, informa que serão transferidos para ampliação de outras unidades operacionais da empresa.

A assessoria diz também que a empresa, inclusive, publicou, em janeiro deste ano, o seu Direcionamento Estratégico, fruto de discussões internas pela administração da companhia. No referido Plano, consta um resumo das suas estratégias para melhor posicionamento no mercado nos próximos dez anos e a matéria-prima é destacada: "em suma, a companhia definiu suas ações de curto, médio e longo prazo com base no cenário mais provável, cujas características são: aumento da demanda mundial e doméstico de biodiesel, introdução do mercado livre de biodiesel e necessidade da companhia se integrar mais na cadeia de suprimentos, buscando alternativas de matérias-primas". O Plano confirma em suas ações operacionais, pelas mesmas razões, a desativação das usinas de Crateús e de Floriano, no Estado do Piauí.